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LD衰减图，不错形象的检验群体LD衰减的情况。LD衰减是由于连锁不服衡所致，LD衰延缓度在不同物种或者不同亚种中各异不同，频繁用LD衰减到一般的距离来看成群体的衰减距离（还有其它计较法子），淌若LD衰减很快，则在进行GWAS分析时需要更多的位点本领达到一定的精度。（计较群体GWAS分析所需要的最少SNP个数）

另外，LD衰减也不错响应群体受经受的情况，一般来说，野生群体比驯化纠正群体LD衰减快，异花授粉比自花授粉植物LD衰减快。

之前写过推文教程（LD衰减图绘画--PopLDdecay）

图片

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出的图是上头这个边幅的，淌若东说念主为检验的衰减一半的距离，大略是100kb傍边，如何更科学的计较呢？

网上看到了一个perl剧本不错凭据PopLDdecay的后果自动计较衰减一半的距离：（https://www.jianshu.com/p/8205dbcb3839）

代码如下：calculate_LDlength.pl

#!/usr/bin/perl -wuse strict;my $in0 = $ARGV[0]; ##- sarson.LD.stat.gzopen IN0， "gzip -dc $in0 | ";<IN0>;my $firstLine = <IN0>;chomp($firstLine);my @firstLine = split(/\t/， $firstLine);my $max = $firstLine[1];close IN0;my %dis2Value = ();open IN1， "gzip -dc $in0 | ";<IN1>;while(<IN1>){  chomp;  my @temp = split(/\t/， $_);  $dis2Value{$temp[0]} = $temp[1];}close IN1;my $halfValue = $max/2;for my $key1(sort {$a<=>$b} keys %dis2Value){    my $next = $key1 + 1;        if(exists $dis2Value{$next}) {        my $currentValue = $dis2Value{$key1};       my $nextValue = $dis2Value{$next};             if($currentValue >= $halfValue && $nextValue < $halfValue){          print "Processing "， $in0， "\n";          print "max LD: r2: "， $max， "\n";          print "half LD:  r2: "， $halfValue， "\t"， "LD length: "， $key1， "\n";           last;       }     }}

举例PopLDdecay生成的文献为：LDdecay.stat.gz，用上头的要领惩处这个文献，就能获得衰减一半的距离，调用法子：

$ perl calculate_LDlength.pl LDdecay.stat.gz Processing LDdecay.stat.gzmax LD: r2: 0.8551half LD:  r2: 0.42755  LD length: 67

不错看到LD衰减一半的值是0.427，对应的距离是67kb。

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